Dados do Trabalho

Título

Evidências metagenômicas da nasofaringe de indivíduos infectados por SARS-CoV-2 revelam alterações na microbiota bacteriana comensal com enriquecimento de patógenos oportunistas

Introdução

Vários vírus podem causar doença respiratória isoladamente ou em associação, alterando a composição da microbiota do Trato Respiratório Superior. Porém, pouco se sabe sobre o efeito da infecção por SARS-CoV-2 no microbioma da nasofaringe de populações brasileiras e, consequentemente, os agentes etiológicos bacterianos secundários a infecção.

Objetivo (s)

Analisar as diferenças do microbioma nasofaríngeo de indivíduos infectados e não infectados por SARS-CoV-2.

Material e Métodos

Para tanto, uma coorte retrospectiva (submetido ao CEP-IEC, sob n° CAAE N° 79631424.6.0000.0019) de 63 swabs nasofaríngeos de pacientes infectados (n = 37) e não infectados (n = 26) por SARS-CoV-2, residentes da cidade de Parintins – AM, foram submetidas ao Sequenciamento Metagenômico shotgun, utilizando o sistema NextSeq Illumina®. Para as análises de bioinformática foi usado o software Kraken 2 e o Banco de Dados NR - NCBI. As inferências estatísticas foram realizadas no ambiente estatístico R versão 4.1.3 utilizando o pacote phyloseq, considerando o p-valor ≤ 0.05. Os cálculos de alpha diversidade foram realizados a partir da análise taxonômica de abundância no nível de Família e Espécie.

Resultados e Conclusão

Ao final, os swabs narofaríngeos infectados por SARS-CoV-2 apresentaram uma diminuição na alpha diversidade (p-valor < 0.05), em comparação aos não infectados, demonstrando uma diferença na quantidade de diferentes táxons e também no número de leituras de cada táxon. Pelo menos 16 grupos bacterianos compõem a microbiota nasofaríngea residente dos indivíduos estudados, mas a abundância de cada táxon diferiu entre Infectados e não infectados. Entre os pacientes infectados, as Enterobacteriaceae, Bacillaceae, Vibrionaceae, Lactobacillaceae, Bacteroidaceae e Staphylococcaceae foram mais abundantes, bem como os agentes patogênicos Klebsiella pneumoniae e Staphylococcus spp. Os comensais Geobacillius thermoleovorans também foram enriquecidos na presença de SARS-CoV-2. Nossos resultados sugerem que a infecção por SARS-CoV-2 facilitou o enriquecimento de patógenos oportunistas, desequilibrou a microbiota comensal residente que pode se tornar patogênica devido ao ambiente hiperinflamatório da infecção viral. Também observamos potenciais grupos bacterianos com efeito antagonista a patógenos oportunistas. Neste cenário, tais informações são úteis para a condução de estudos futuros para esclarecer o papel do microbioma em indivíduos infectados e a gravidade da doença e reduzir o impacto da infecção.

Palavras Chave

Microbioma nasofaríngeo; SARS-CoV-2; Metagenômica Shotgun; Brasil; Bactérias Patogênicas