Dados do Trabalho

Título

Evolução e variabilidade genética do vírus chikungunya durante surto no estado do Tocantins em 2017

Introdução

O vírus chikungunya (CHIKV) pertence à família Togaviridae, e é o causador da Febre chikungunya, uma doença de distribuição global. Existem 3 grandes genótipos: Eastern-Central-South-African (ECSA), Asian (AUL) e West African (WA). Em 2014, houve uma dupla introdução do vírus no Brasil a partir dos genótipos AUL e ECSA, que rapidamente se estabeleceram. O recorde epidemiológico no país ocorreu em 2016, com 277.882 casos prováveis e 318 óbitos confirmados. Em Tocantins, estado que abriga dois dos principais biomas em degradação do país (Amazônia e Cerrado), registrou-se um recorde de óbitos em 2017 e, em 2023, um recorde de 4.617 casos prováveis.

Objetivo (s)

Aqui, pretendeu-se investigar os aspectos genéticos e filogenéticos relacionados ao CHIKV circulantes no estado do Tocantins em 2017.

Material e Métodos

Genomas completos de CHIKV de 30 indivíduos do Tocantins, previamente identificados como positivos, foram sequenciados usando a plataforma MinION (Oxford Nanopore). Os consensos foram obtidos utilizando o montador Medaka e alinhados com cerca de 200 genomas de referência utilizando o programa MAFFT v7. A reconstrução filogenética por máxima verossimilhança foi feita no IQtree  usando o modelo GTR + G + I e visualizada no software FigTree v.1.4.4.

Resultados e Conclusão

Todas as sequências circulantes no Tocantins em 2017 são do genótipo ECSA, predominante no país. Genomas de 2017 e 2023, embora ECSA, clusterizam separadamente na filogenia, sugerindo substituição total de clado. Ainda, enquanto os vírus de 2023 agrupam com vírus de diversos outros estados, as de 2017 são mais homogêneas. Porém, ainda assim, parece haver a presença de três sublinhagens (L1-3) em 2017. As L1 e L3 estão mais distribuídas em cidades ao norte da capital, Palmas, e agrupam-se próximas a sequências de Mato Grosso (L1) e Amazonas (L3). Já a L2 está concentrada na capital, incluindo somente amostras de Tocantins. Embora a variabilidade genética de CHIKV seja relativamente baixa dentro de um mesmo clado, é possível observar a circulação de diferentes sublinhagens em determinadas regiões geográficas, inclusive no Tocantins. A estrutura filogenética sugere moderada circulação desse vírus entre os diferentes estados brasileiros a partir de 2018. Infelizmente, a pouca disponibilidade de genomas completos de CHIKV na literatura não permite maiores conclusões quanto à estrutura filogeográfica deste vírus no país.

Palavras Chave

Vírus Chikungunya; Filogenia; Sequenciamento de Nova Geração