Dados do Trabalho

Título

CARACTERIZAÇÃO GENÔMICA DE Salmonella Typhi REVELA CIRCULAÇÃO DE GENÓTIPO INCOMUM RESISTENTE AO CIPROFLOXACINO NO NORTE DO BRASIL

Introdução

A Febre Tifoide continua sendo a doença predominante entre as febres entéricas em todo o mundo. O surgimento de isolados resistentes às fluoroquinolonas e às cefalosporinas de terceira geração levou a OMS destacar S. Typhi como um patógeno de alta prioridade para pesquisa e desenvolvimento. de novos antibióticos. A detecção de genótipos epidêmicos de S. Typhi associados à disseminação de isolados que apresentam fenótipos de resistência antimicrobiana é preocupante tendo em vista o aumento de relatos em todo o mundo.  

Objetivo (s)

Relatar a ocorrência de Salmonella Typhi genótipo 3 causando infecção humana na região Norte/Amazônia do Brasil.  

Material e Métodos

O DNA genômico foi extraído usando Kit PureLink TM Quick Gel Extraction (Life Technologies, CA) e sequenciado na plataforma NextSeq (Illumina) usando uma biblioteca de pares de 2X75 pb. TrimGalore v.0.6.6 (https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore ) foi usado para remover sequências de adaptadores e reduzir a qualidade das leituras. Unicycler v.0.4.8 foi usado para montagem de novo . Os contigs de novo foram submetidos ao Pathogen Watch ( https://pathogen.watch/ ) para identificar compatibilidade com sorotipagem de Salmonella (SISTR), tipagem de sequência multilocus (MLST), MLST de genoma central ( cgMLST ) e genotipagem baseada em polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) de S. Typhi. Os replicons plasmídicos foram identificados usando PlasmidFinder v2.1. A predição genética e mutações de ponto único foram identificadas usando PAARSNP v2.4.9 com blastn v2.2.30. O genoma foi anotado usando o Prokaryotic Genome Annotation Pipeline v.3.2 (PGAP) no NCBI.  

Resultados e Conclusão

O isolado IEC 38758 foi identificado como pertencente ao genótipo 3, ST1, apresentou uma mutação pontual no gene gyrA (Asp87Gly) associada à resistência às quinolonas, reafirmando o fenótipo de resistência a ciprofloxacina e ácido nalidíxico observado . As linhagens epidêmicas ST1 e ST2 geralmente coexistem e estão espalhadas principalmente por todo o mundo. Na região Sul do Brasil, estudo com 28 cepas de S. Typhi encontrou ST1 como a mais prevalente, incluindo representantes dos genótipos 2 e 4. Até onde sabemos, este é o primeiro relato de Salmonella enterica sorovar Typhi genótipo 3 no Brasil. Tais achados também indicam a presença de isolados geneticamente distintos daqueles previamente relatados, bem como o surgimento e disseminação endêmica de genótipos incomuns de S. Typhi, especialmente em regiões de extrema pobreza como ocorre na região Norte da Amazônia Brasileira.     

Palavras Chave

S. Typhi genótipo 3; Resistência as quinolonas; Febre Tifoide