Dados do Trabalho

Título

Explorando as mutações intra-hospedeiros de SARS-CoV-2 nos grupos de indivíduos vacinados durante as ondas de Delta e Ômicron no Estado de São Paulo, Brasil.

Introdução

Desde dezembro de 2019, o SARS-CoV-2 tem evoluído, resultando em múltiplas linhagens e variantes de preocupação (VOC) mostrando alterações na transmissibilidade, virulência e evasão imunológica. Tais mudanças evolutivas ocorrem devido ao acúmulo de mutações durante a replicação viral, gerando genomas virais diversos, caracterizados por variantes de nucleotídeo único (iSNVs). Algumas dessas iSNVs podem ser transmitidas, tornando-se prevalentes na população.

Objetivo (s)

Investigar o impacto evolutivo da vacinação sobre o SARS-CoV-2.

Material e Métodos

Foram analisadas 708 amostras positivas coletadas durante as ondas Delta e Ômicron (agosto de 2021 a março de 2022) no Estado de São Paulo, sequenciadas usando o Illumina iSeq. As sequências genômicas consenso foram obtidas por meio de montagem de referência usando o VIPER (Viral Identification Pipeline for Emergency Response). Genomas com pelo menos 90% de completude foram selecionados. A detecção de iSNVs foi realizada com o iVar, com uma frequência alélica mínima de 3% e profundidade mínima de sequenciamento de 100x. Sequências genômicas dos haplótipos virais intra-hospedeiros foram obtidas com a ferramenta aBayesQR e, posteriormente, submetidas ao software SNPGenie para análise de diversidade nucleotídica. As amostras foram categorizadas conforme a VOC (analisadas individualmente), o status de vacinação (vacinados e não vacinados) e a classe de resposta antigênica da vacina (vírus completo inativado – CoronaVac; baseada em spike – Pfizer, AstraZeneca e Janssen).

Resultados e Conclusão

Não houve diferença estatisticamente significativa no número total de iSNVs entre os grupos vacinados e não vacinados, tanto em Delta quanto em Ômicron, mesmo ao considerar apenas iSNVs para mutações não sinônimas ou ao comparar diferentes classes de vacinas. Contudo, em Delta, observaram-se diferenças significativas nos genes do nucleocapsídeo, envelope e ORF9b, embora o efeito dessas comparações tenha sido fraco (Cliff’s delta < 0,2). Não houve diferença na pressão seletiva ao comparar o genoma dos haplótipos virais entre amostras de vacinados e não vacinados. Entretanto, em Ômicron, os genes do envelope e ORF7b tendem a sofrer uma pressão negativa nas amostras de vírus completo inativado. Independentemente da classe, a vacinação não induz a uma taxa de mutação aumentada em indivíduos vacinados. No entanto, o monitoramento contínuo de iSNVs específicos associados a diferentes classes de vacinas e variantes é crucial para garantir a eficácia contínua das estratégias de vacinação.

Palavras Chave

SARS-CoV-2; intra-hospedeiro; Vacinação; diversidade intra-genotípica; haplótipo viral