Dados do Trabalho

Título

Revelando a Diversidade do Vírus da Dengue com Dynamic DEVILS (Dengue Evolutionary Viral Intra-genotype Lineage System)

Introdução

O vírus da dengue (DENV), um flavivírus transmitido por mosquitos do gênero Aedes, é responsável por um número alarmante de casos em vários países do mundo. A classificação atual, baseada em sorotipos e genótipos, carece de consenso em níveis mais profundos, impedindo análises mais robustas da diversidade, dinâmica e padrões de transmissão viral.

Objetivo (s)

Desenvolver um sistema dinâmico de classificação de linhagens para o DENV, abaixo da classificação de genótipos, baseado em uma nomenclatura hierárquica.

Material e Métodos

Foram utilizadas 11.508 sequências genômicas de dengue, coletadas entre 1944 e 2023. O conjunto de dados dispôs de 478 sequências geradas no estudo pelo Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica - CeVIVAS; as demais sequências foram obtidas dos bancos de dados públicos: GISAID e GenBank (NCBI). As sequências de cada sorotipo foram alinhadas e utilizadas na construção de árvores filogenéticas com IQ-TREE2. As árvores foram refinadas com Treetime e as linhagens definidas com Autolin, sendo pós-processadas para alinhamento com os padrões do Augur Clades. Uma nomenclatura hierárquica foi desenvolvida para a classificação das linhagens.

Resultados e Conclusão

Desenvolvemos um sistema de classificação abrangente para o vírus da dengue, alcançando uma precisão inicial na atribuição de linhagens superior a 93%. A curadoria manual refinou ainda mais as definições de linhagem, identificando subgenótipos, linhagens e sublinhagens para os quatro sorotipos do vírus. Os subgenótipos foram rotulados com uma letra maiúscula e um ponto (por exemplo, "1V.A"), enquanto linhagens e sublinhagens usam identificadores numéricos de até três níveis, com uma letra adicional para maior profundidade (como "2II.D.A.1", uma sublinhagem da "2II.D.10.1.1"). Destaca-se DENV-1, com 26 subgenótipos e 86 linhagens associadas, além da inferência do genótipo 1VI. De forma similar os sorotipos DENV-2, DENV-3 e DENV-4 também apresentaram uma diversidade de subgenótipos e linhagens. Evidenciamos a importância de considerar mutações em diferentes regiões do genoma, além do gene E, para compreender a diversificação viral. Integrado ao Nextclade, o sistema permite a atribuição de linhagens em sequências genômicas parciais e está disponível online e offline (https://github.com/alex-ranieri/denvLineages), facilitando o rastreamento da evolução viral e estudos fenotípicos, contribuindo para uma vigilância mais eficaz do vírus da dengue.

Palavras Chave

Vírus da dengue (DENV); Classificação de linhagens; Vigilância Genômica; Saúde Pública; Arbovirus