Dados do Trabalho

Título

Análise Genômica do SARS-CoV-2 nas Regiões Norte e Nordeste do Brasil entre Janeiro e Dezembro de 2023.

Introdução

O SARS-CoV-2 tem se ramificado em diversas linhagens filogenéticas, refletindo os padrões de circulação. Por isso, estudos que avaliem a dinâmica de circulação das diferentes linhagens e sublinhagens são cruciais para monitorar a atividade viral e o seu impacto global.

Objetivo (s)

Para tal, este estudo buscou descrever a diversidade de linhagens de SARS-CoV-2 circulantes na região Norte e Nordeste do Brasil durante o período de janeiro a dezembro de 2023. 

Material e Métodos

Como um laboratório dentro do Sistema Global de Vigilância e Resposta à Gripe e outros vírus respiratórios (GISRS) da OMS para fins de vigilância global, nem o consentimento informado por escrito nem a aprovação ética explícita foram solicitados, pois este estudo foi apenas observacional e realizado como parte de uma vigilância virológica de rotina (anonimamente, sem identificação de pacientes), conforme estabelecido nos termos de referência para os Centros Nacionais de Gripe da OMS. O preparo de bibliotecas foi utilizado o kit COVIDSeq Assay, seguindo as instruções do fabricante e, o Sequenciamento Genético de Nova Geração por amplicon foi realizado na plataforma Illumina® sequencing systems. Todas as etapas da análise genômica foram conduzidas a partir do fluxo de trabalho ViralFlow. Para a designação viral foi utilizado a ferramenta de classificação Pangolin v4.3.1.

Resultados e Conclusão

Assim, um total de 611 genomas completos de SARS-CoV-2 foram analisados, onde a região Norte do Brasil contribuiu com 73% (446) e a região Nordeste com 27% (165) dos genomas recuperados. A análise filogenética demonstrou que os genomas pertencem a 35 sublinhagens da variante Omicron. Entre as SE 5 a SE 23 de 2023 foram detectados casos de SARS-CoV-2 expressivamente associados a sublinhagem XBB.1.5. A partir da SE 23, notou-se a cocirculação das sublinhagens GK.1 e FE.1.2, sendo a segunda mais evidente até a SE 32. Posteriormente, entre as SE 38 e SE 52, foi observado a cocirculação das sublinhagens JD.1.1, JD.1.12, JN.1 e JD.1.1.1.Assim sendo, estudos que fortaleçam a vigilância genômica do SARS-CoV-2 são de extrema importância, pois fornecem uma maior compreensão da sua circulação, disseminando informações relevantes para o desenvolvimento de novas estratégias de prevenção e controle das infecções, especialmente no que se refere ao impacto dos imunizantes utilizados. 

Palavras Chave

COVID-19; Vigilância Genômica; Vírus respiratórios.