Dados do Trabalho

Título

Vigilância genômica do SARS-CoV-2 no Estado do Acre, Brasil: prevalência das linhagens nos diferentes cenários ao longo da pandemia de COVID-19

Introdução

A vigilância genômica foi uma ferramenta fundamental para identificar as linhagens e variantes de interesse (VOI) e de preocupação (VOC) durante a pandemia da COVID-19, que levou a mais de 36 milhões de casos confirmados e mais de 700 mil óbitos no Brasil. Esse cenário foi preocupante em estados como o Acre, que registrou mais de 168.999 casos e 2.080 mortes pela doença.  

Objetivo (s)

Este estudo teve como objetivo descrever a prevalência de linhagens e variantes de SARS-CoV-2 que circularam no Estado do Acre durante a pandemia da COVID-19.

Material e Métodos

Amostras do biorrepositório do Laboratório Central de Saúde Pública do Acre (LACEN-AC) e do Centro de Infectologia Charles Mérieux (CICM/ FUNDHACRE) positivas para SARS-CoV-2 por real time RT-PCR foram selecionadas e sequenciadas utilizando a plataforma Illumina®. Dados gerados foram analisados e depositadas na plataforma EpiCoV do GISAID e reportados aos gestores de saúde.  

Resultados e Conclusão

Um total de 1.397 genomas de SARS-CoV-2 foram recuperados de amostras coletadas de 15 municípios do Acre. Didaticamente dividimos a pandemia em fases correlacionando com as ondas de número de casos e óbitos por COVID-19. Na fase I (março a novembro de 2020), 333 genomas, as linhagens B.1.1.33 (64,5% - 215/333) e B.1.1.28 (32,5% - 109/333) foram protagonistas nesse período. Na Fase II (dezembro de 2020 a agosto de 2021), dos 272 genomas analisados, a VOC Gamma (82,7% - 225/272) dominou, sendo detectadas também as VOIs Zeta (8% - 22/272) e Lambda C.37 (3% - 9/272). Ainda detectamos a linhagem B.1.1.348 (2% - 4/272) que não tinha sido identificada no Brasil. Na Fase III (setembro a dezembro de 2021), 107 genomas, tendo como protagonista a VOC Delta com 70% (n = 89/107). Na Fase IV (janeiro a fevereiro de 2022), 532 genomas, a VOC Omicron linhagem BA.1/BA.1.* dominou, totalizando 99% (n = 527/532) dos genomas analisados. Fase V (março de 2022 a janeiro de 2023), 121 genomas, evidenciando a dominância da VOC Omicrom com a linhagem BA.5.*,  (78% - 95/121). Fase VI (fevereiro a maio de 2023) obtendo 32 genomas, identificando as linhagens XBB.* (59% - 19/32) e FE.1.* (12% - 4/32) ambas VOC Omicrom. A vigilância genômica realizada no Estado Acre identificou a dinâmica de distribuição de linhagens e variantes de SARS-CoV-2 durante a pandemia. Esses dados ressaltam a importância da vigilância contínua para subsidiar ações de saúde pública, especialmente em regiões de fronteira como o Estado do Acre.

Palavras Chave

SARS-CoV-2; COVID-19; Vigilância Genômica; áreas fronteiriças