Dados do Trabalho

Título

Desenvolvimento de um novo protocolo para sequenciamento de genoma completo do HTLV-1 utilizando a tecnologia de Nanopore

Introdução

O vírus linfotrópico T humano tipo 1 (HTLV-1) é um vírus negligenciado, apesar de causar manifestações graves em 3-5% dos portadores. Há uma escassez de sequências do genoma completo do HTLV-1 nos bancos de dados, e os protocolos atuais de sequenciamento para o HTLV-1, como Sanger e Illumina, são de alto custo e/ou demorados. Conhecer o genoma completo de um vírus é importante para entender sua biologia básica, conduzir estudos epidemiológicos e explorar como a genética viral influencia nas manifestações clínicas.

Objetivo (s)

Sendo assim, nosso objetivo foi desenvolver um método para amplificar e sequenciar o genoma completo do HTLV-1 usando a tecnologia Nanopore com o dispositivo MinION.  

Material e Métodos

Um conjunto de 60 primers foi desenhado para cobrir todo o genoma do HTLV-1, utilizando a ferramenta Primal Scheme. Parâmetros de amplificação, incluindo diferentes concentrações de primers e temperaturas de anelamento, foram testadas. Em seguida, seis amostras de pacientes infectados com carga viral variável foram amplificadas e sequenciadas. As leituras no formato fastq foram montadas no CLC Workbench usando a NC_001436.1 como referência.

Resultados e Conclusão

A comparação entre concentrações de primers de 10µM e 20µM mostrou que 20µM resultou em bandas fracas com muito dímero no gel de agarose. Enquanto a concentração de 10µM e temperaturas de anelamento mais baixas (63-61 ºC) ofereceram melhores resultados. Apesar disso, todas as amostras obtiveram bons parâmetros de sequenciamento, com cobertura vertical variando de 2.000 a 3.000 nucleotídeos. Apresentamos aqui um método eficaz para sequenciamento de genoma completo do HTLV-1 usando a tecnologia Nanopore, oferecendo uma alternativa econômica e rápida aos métodos tradicionais. O Nanopore pode ser facilmente implementado em qualquer laboratório, expandindo potencialmente os estudos virais com métodos de sequenciamento.  

Palavras Chave

HTLV-1; Sequenciamento de Nova Geração; Sequênciamento por nanoporos; genoma completo