Dados do Trabalho

Título

Vigilância Genômica Revela Perfil de Transmissão dos Primeiros Casos de Tuberculose Extensivamente Resistente no Estado do Pará

Introdução

Com a introdução dos novos medicamentos no tratamento da tuberculose droga resistente (TBDR) a partir de 2021 no Brasil, tornou-se crucial a vigilância genômica (VG) para monitoramento e disseminação da resistência antimicrobiana.

Objetivo (s)

Este estudo objetivou iniciar a VG de Micobactérias  provenientes de indivíduos tratados para TBDR entre out/2021 e dez/2022 no estado do Pará.

Material e Métodos

O projeto foi aprovado pelo Comitê de ética/IEC (parecer 3.950.565). O DNA micobacteriano foi extraído no Laboratório Central do Pará, as bibliotecas foram preparadas com o kit Illumina Nextera-XT e o sequenciamento genômico (WGS) foi realizado no NextSeq 550. Os genomas foram analisados utilizando o MAGMA v.3.1 e TB-Profiler v.6.10. Para análise de transmissão foram utilizados os cutoffs de 5 e 12 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). Também foi realizada distribuição espacial dos casos.

Resultados e Conclusão

Dos 103 casos notificados como TBDR, 87 obtiveram cultura viável, das quais realizamos WGS para 40 isolados (casos). Os dados genômicos de duas amostras sugerem eventos de infecção mista (duas linhagens de Mycobacterium tuberculosis L1 e L4) e de co-infecção M. tuberculosis e M. chelonae que foram analisados separadamente. O perfil genético de sensibilidade antimicrobiana obtido pela VG evidenciou que 7,5% (N=3) dos isolados não apresentavam os genes de resistência conhecidos ou definidos como alta significância segundo a Organização Mundial da Saúde, 20% (N=8) apresentaram monorresistência à rifampicina (RIF) ou isoniazida (INH). Multidroga-resistência (MDR) foi evidenciada em 47,5% (N=19), pré-XDR (pré-TB extensivamente resistente em 20% (N=8) e extensivamente resistente (XDR) em 5% (N=2) com resistência à bedaquilina (BDQ) e clofazimina em um isolado e resistência à Linezolida (LZD) em outro. Dos 38 isolados de M. tuberculosis, 36.84% (N=14) foram agrupados em cinco clusters (C1-C5) com cutoff de 12 SNPs sugerindo transmissão da TB entre estes. Deste, o perfil de resistência por cluster foi: RIF (C1), MDR (C2), XDR e pré-XDR (C3), MDR (C4 e C5). Os membros do C2 residem no município de Marabá e os demais na capital Belém. Este é o primeiro relato de resistência à BDQ e LZD no Brasil com confirmação genômica de transmissão da TB pré-XDR e XDR já no primeiro ano de inclusão dos novos medicamentos (BDQ e LZD) no esquema de tratamento da TBDR, reforçando a importância da VG para precisão em saúde pública. Sugerimos atenção de saúde pública nas áreas com casos pré-XDR e XDR para rastreamento de contatos.

Palavras Chave

Mycobacterium tuberculosis; Micobactérias Não Tuberculosas; Vigilância Genômica; Bedaquilina; Linezolida; Tuberculose Extensivamente Resistente.