Dados do Trabalho

Título

Resistência antimicrobiana, estrutura populacional e dinâmica da transmissão de isolados de Mycobacterium tuberculosis do estado de São Paulo: um estudo genômico.

Introdução

Mycobacterium tuberculosis resistentes a antimicrobianos constituem uma ameaça à saúde pública. O sequenciamento de genoma completo (SGC) é recomendado para o diagnóstico da resistência, podendo também ser utilizado para detectar elos de transmissão da tuberculose (TB).

Objetivo (s)

Avaliar a resistência antimicrobiana, a estrutura populacional e a dinâmica de transmissão de M. tuberculosis droga-resistentes no estado de São Paulo utilizando SGC.

Material e Métodos

Isolados de M. tuberculosis resistentes a rifampicina e a isoniazida (MDR) pelo GenoType MTBDRplus e MGIT960 ou rifampicina e a uma fluorquinolona e/ou aminoglicosídeos pelo GenoTypeMTBDRSL foram selecionados prospectivamente por 20 meses no NTM-IAL. Avaliou-se a resistência a 13 fármacos por MGIT960 e os isolados foram sequenciados em Illumina. Uma pipeline de bioinformática para detectar resistência foi desenvolvida e comparada aos testes fenotípicos como padrão ouro. Variantes detectadas foram usadas para identificar linhagens, reconstruir a filogenia e detectar elos de transmissão. O estudo foi aprovado pela Comissão de Ética em Pesquisa do IAL.

Resultados e Conclusão

138 isolados de 128 pacientes foram analisados. Cinco (3,6%) foram sensíveis, 11 (8%) resistentes a isoniazida, 9 (6,5%) polirresistentes, 92 (66,7%) MDR, 14 (10,1%) pré-XR (extensivamente resistente), e 7 (5%) pré-XR com resistência a linezolida ou a bedaquilina (XR) pelo MGIT960. Os perfis de resistência identificados pela pipeline apresentaram boa concordância com testes fenotípicos, com sensibilidade e especificidade variáveis a depender do fármaco. Porém, alguns desafios foram identificados: i) a presença de mutações do tipo borderline para resistência à rifampicina, ii) a reduzida sensibilidade no teste de MGIT 960 para detectar resistência ao etambutol comparado à análise genômica, iii) a reduzida sensibilidade da análise genômica para detectar resistência à pirazinamida, iv) discrepâncias entre os testes fenotípicos e a análise genômica para delamanida, bedaquilina e clofazimina. A análise filogenética identificou três linhagens de M. tuberculosis (L1, L2 e L4), com predominância da L4 (97,8%). A sublinhagem L4.3 concentrou o maior número de isolados com perfis de resistência mais extensos. Por fim, foram identificados 7 clusters de transmissão, envolvendo 19 pacientes, trazendo preocupações quanto ao espalhamento da TB resistente.

Palavras Chave

Tuberculose; resistência; MDR-TB; TB-DR; genoma